Na zijn gevecht met de Queen ontwaakt de protagonist op onbekend terrein, zonder zich ook maar iets te herinneren. Io bevond zich naast hem toen hij wakker werd, een vrouw die alles over zijn krachten weet.
Zogenaamde blood springs creëren blood beads die zowel gezocht als versterkend zijn. De hoge concentratie aan blood springs creëert een hiërarchie van kracht en de zwakkelingen worden behandeld als slaven om ze te verzamelen. Io en de protagonist worden gevangengenomen door Revenants die Io gegijzeld houden en de protagonist dwingen ondergronds op zoek te gaan naar blood beads.
Na terug de oppervlakte te hebben bereikt, komt de protagonist te weten dat de Revenants reeds aan het ontbinden zijn; ze worden gek door de hoeveelheid geïnjecteerde miasma en hun drang naar bloed. De laatste overgebleven Revenants vallen aan, maar plots duikt Louis op om de protagonist tijdens het gevecht bij te staan. Samen slagen ze erin het gevecht te winnen, waarna Louis de protagonist naar de basis meeneemt.
CODE VEIN is een third-person action role-playing game waarbij spelers in de rol kruipen van een Revenant. Deze onsterfelijke soldaten zijn gecreëerd om de menselijke bedreiging tegen te houden die is ontstaan na de Great Collapse, een catastrofale gebeurtenis waarbij het merendeel van de bevolking stierf. Door lichamen te injecteren met Biological Organ Regenerative Parasite, werden ze terug tot leven gebracht en blijven ze dat ook zolang hun hart intact blijft. Spelers krijgen de taak op avontuur te trekken doorheen de wereld, samen met een kompaan die kan gekozen worden uit de vele inwoners van Vein, om hun verleden te ontrafelen en een uitgang te vinden.
