De gebeurtenissen spelen zich af net nadat Cloak en Dagger hun ongekende krachten hebben verkregen. Help hen te ontsnappen aan hun snode ontvoerder en zijn supersterke handlanger en los samen de puzzels op met behulp van hun unieke nieuwe vaardigheden. Aan het eind van het level worden de nieuwe vrij te spelen personages Cloak, Dagger, Mister Negative, Blackout, Shroud, Nightmare en Silvermane aan de lijst van meer dan 200 superhelden en superschurken van het basisspel toegevoegd.
