Digital World is in gevaar en kan worden vernietigd als Omnimon Alter-B, de digi-evolutie van Omnimun, niet wordt tegengehouden! Wees voorzichtig, want zijn speciale aanvallen “Grey Cannon” en “Garuru Sword” zijn heel gevaarlijk!
Het verhaal wordt uitgebreid met drie nieuwe Digimon - Justimon, Dianamon en Minervamon – maar ook 2 personages uit Digimon Story: Cyber Sleuth: Mirei Mikagura en Rina Shinomiya. Mirei wil weten wat er gaande is en Rina is verloren gelopen in de Digital World samen met haar partner Veevee.
Nieuwe faciliteiten worden ook aan Digimon World: Next Order toegevoegd, zoals de Transfer Shop, Safe-Keeping shop en de Digivolution Dojo.
