Paul Atreides en diens moeder hebben na de aanval van de Harkonnen hun toevlucht moeten vinden bij de Fremen: de originele bevolking van Arrakis, die hun gewoontes en tradities hebben afgestemd op de woestijnplaneet. Vele Fremen zien in Paul de messias die niet alleen zal zorgen voor de bevrijding van hun volk, maar ook tot het herstellen van Arrakis tot een groene planeet. In Dune draait de galactische economie nog altijd om het spice, en de Harkonnen moeten ervoor zorgen dat de toevoer gegarandeerd blijft, zodat ze de woede van de keizer niet over hun krijgen. Toch gaat dit moeilijk met de sabotage-aanvallen onder leiding van Paul, die zich langzaam opwerkt in de Fremen-cultuur. Is hij de messias, of valt die eer aan iemand anders toe?
Uiteraard gebeurt in Dune een pak meer dan hierboven beschreven. Hoewel we een tienduizend jaar de toekomst worden in gekatapulteerd, is het geloof een centraal punt in de film. Niet alleen door het messias-aspect, maar ook door de Bene Gesserit, een soort geloof die via kansberekening de toekomst voorspelt - om het zeer simplistisch voor te stellen - en waarvan Pauls moeder een voornaam lid is/was. Dit tweede deel van Dune heeft an sich een traag tempo, maar dat is ook nodig om alles te vatten wat de film te bieden heeft. Er wordt ook weinig achtergrondinformatie gegeven, waardoor je de tijd krijgt om je eigen deducties af te leiden.