De jonge Valya Harkonnen voelt zich misnoegd omdat het Huis Harkonnen na de oorlog tegen AI, terecht of onterecht, het onderspit moet delven. Zij richt zich tot een mysterieus genootschap dat enkel bestaat uit vrouwen, het Zusterschap. Valya merkt al snel dat zij een bepaalde gave heeft, waarmee zij anderen haar wil kan opleggen. Na het sterven van de 'Hoofdzuster', neemt zij het roer al snel over en bepaalt zij de koers.
In de hedendaagse tijd keert er een soldaat terug van Arrakis, en komt bij de keizer terecht. Desmond Hart (gespeeld door Travis Fimmel, Ragnar uit Vikings) beklimt al snel de rangen en is al snel de vertrouwenspersoon van de keizer. Omwille van zijn unieke gevechtsvaardigheden en inzichten. Het zusterschap heeft ondertussen een adviserende rol bij de adellijken van de grote huizen en bepaalt achter de schermen vele koersen. Hart gaat hier recht tegenin en een confrontatie blijkt onomkeerbaar. Als dat maar goed afloopt...
Het verhaal in Prophecy speelt zich af in twee tijdperken. Langs de ene kant volgen we de jonge Valya en worden vele beweegredenen uit de doeken gedaan, en in het heden zien we dan de gevolgen van die redenen. De politieke intrige, afgewisseld met het verraad doen zeer denken aan Dune. Het is leuk om te zien hoe de huizen andere rollen aannemen dan diegene die we gewend zijn en we kunnen de opmars van de Bene Gesserit mooi meevolgen.