Prinses Rosalina onfermt zich over kleine sterachtige wezentjes, de Luma's. Nadat het verhaaltje is voorgelezen wordt deze prinses abrupt ontvoert. Ondertussen amuseren Mario, Luigi en Peach zich in het kasteel met de mini-Bowser, die zij trachten op het goede pad te brengen. Onheil loert wanneer hetzelfde tuig dat verantwoordelijk is voor de ontvoering van Rosalina, ook Bowser tracht te bevrijden. De schurk van dienst is niemand minder dan Bower Junior! Lukt het Mario om prinses Rosalina te bevrijden en hoe past Peach precies in het verhaal?
Fans van het Mario-universum worden in deze film op hun wenken bediend. Er zijn vele verwijzingen naar de Nintendo-games, maar wat vooral opviel waren de vele verwijzingen naar Super Mario Brothers 2 (op de NES). Deze game komt zelden zo mooi op de voorgrond, hoewel die destijds een vreemde eend in de bijt was.
Het verhaal kabbelt rustig verder en je moet je aan niet te veel plotwendingen verwachten. Deze film is gemaakt voor de fans, zowel jong, als oud.