Danganronpa Another Epise: Ultra Despair Girls is een pre-sequel op Danganronpa 2. Anders dan de twee vorige games, zullen de spelers de rollen van heldinnen aannemen: Komaru Naegi en Toko Fukawa.
Komaru Naegi, zusje naar Makoto Naegi, is gevangen in een mysterieus appartement voor meer dan een jaar. Op een dag wordt ze gered door Byakuya Togami van de Toekomst Stichting, maar de redding is ontspoord door een plotselinge aanval van honderden Monokumas.
Komaru ontdekt al snel dat de stad is overgenomen door een groep kinderen die zichzelf de Warriors of Hope noemen. Hun leider, Monaca, verklaart dat de stad de site zal zijn van een Children's Paradise, en om dit te bereiken, zullen alle volwassenen uitgeroeid worden .
